Joomla! ontstond als een afgescheiden voortzetting van Mambo, na een ruzie tussen het Australische Miro Corporation, de eigenaar van het handelsmerk 'Mambo', en de meerderheid van het ontwikkelteam. De twee groepen splitsten op 17 augustus 2005. Miro Corporation richtte een stichting op met als doel het project financieel te ondersteunen en het te beschermen tegen rechtszaken. Het ontwikkelteam beweerde dat de bepalingen van de stichting in strijd waren met eerdere overeenkomsten gesloten door het gekozen Mambo Steering Committee, dat er niet over overlegd is met de invloedrijke partijen en dat sommige bepalingen de basisbeginselen van open source software schonden. Deze beweringen zijn nooit ondersteund met bewijzen.

Het ontwikkelteam begon een website 'OpenSourceMatters' om de gebruikers, ontwikkelaars, webdesigner en de gemeenschap in het algemeen te informeren. De voormalige leider van het projectteam Andrew Eddie (ook bekend als 'MasterChief') schreef een open brief aan de gemeenschap, die verscheen op het aankondigingengedeelte op het publieke forum op mamboserver.com.

De volgende dag waren duizend mensen lid geworden van het forum van de opensourcematters.org website. De meesten postten aanmoedigende berichten en verklaarden hun steun aan het ontwikkelteam. De website bezweek bijna onder de grote belangstelling. Het nieuws werd via belangrijke IT-nieuwsbronnen verspreid. De directeur van Miro, Peter Lamont, gaf een publiekelijke reactie in het artikel 'The Mambo Open Source Controversy - 20 Questions With Miro'.

Deze gebeurtenis bracht diepe gevoelens boven binnen de Open source beweging over wat 'open source' kan worden genoemd. De fora van veel andere open source projecten werden overspoeld met reacties voor en tegen de acties van beide kanten. Geruchten en beschuldigen van overtredingen door Miro en de Mambo Foundation vierden hoogtij.

In de twee weken na de aankondiging van Andrew Eddie werden de teams gereorganiseerd en bleef de gemeenschap groeien. Op 1 september 2005 werd de nieuwe naam aangekondigd op een gemêleerde bijeenkomst van meer dan 3000 trouwe volgelingen van het ontwikkelteam.

Op 8 juli 2006 maakte Eddie bekend zijn functie als projectleider neer te leggen. Een team, bestaande uit Johan Janssens, Shayne Bartlett en David Gal neemt de taak op zich.